Francisco nació en 1506, en el castillo de Javier en Navarra, cerca de Pamplona, España. Era el benjamín de la familia.  A los dieciocho años fue a estudiar a la Universidad de París, en el colegio de Santa Bárbara, donde en 1528, obtuvo el grado de licenciado. 

Son pocos los hombres que tienen el corazón tan grande como para responder a la llamada de Jesucristo e ir a evangelizar hasta los confines de la tierra.  San Francisco Javier es uno de esos.  Con razón ha sido llamado: «El gigante de la historia de las misiones» y el Papa Pío X lo nombró patrono oficial de las misiones extranjeras y de todas las obras relacionadas con la propagación de la fe. 

Llegó a ser uno de los siete primeros seguidores de San Ignacio, fundador de los jesuitas, consagrándose al servicio de Dios en Montmatre, en 1534. 

La oración del día de su fiesta dice así: «Señor, tú has querido que varias naciones llegaran al conocimiento de la verdadera religión por medio de la predicación de San Francisco Javier».