Hay 7 fenómenos místicos que acontecieron en la vida del Padre Pío. El santo de Pietrelcina, desde el comienzo de su vida religiosa y antes del noviciado, como señala el padre Agustín, su director espiritual, en el Diario, está rodeado de hechos inexplicables.

Sin embargo, él no hace alarde en público: extrema confidencialidad y prudencia caracterizan su trabajo (siempre que se puede). Los 7 fenómenos místicos son reportados en el libro, Padre Pío Modelo de santidad y guía para el cristiano) de Francesco Guarino y Marcello Stanzione.

1. LAS VISIONES

El Padre Pío está rodeado de visiones. Se definen como «percepciones sobrenaturales de un objeto naturalmente invisible al ser humano«.

En Padre Pío las visiones son de una triple tipología: corporal o sensible, imaginativa, intelectual.

2. LOCUCIONES

En el Padre Pío también hay locuciones interiores, difíciles de manifestar sin permiso divino. Las locuciones son fórmulas que enuncian afirmaciones o deseos y se refieren sólo al lenguaje articulado percibido a través de la audición corporal.

3. TOQUE MÍSTICO

Siguiendo el orden cronológico del Epistolario está claro que el otro fenómeno extraordinario del que se enriquece el Padre Pío es el llamado toque místico. En Padre Pío el toque místico es de tres naturalezas: fusión de corazones, beso de amor y toque sustancial. Son sentimientos deliciosos impresos por Dios, a través del contacto espiritual, «en las profundidades o punta del alma», en la «cima del espíritu».

4. BILOCACIÓN

Es ese fenómeno místico que hace que el hombre esté presente al mismo tiempo en dos lugares diferentes, sin hacer ningún tipo de movimiento. Numerosos episodios de bilocación se han encontrado en la vida de los santos (Francisco de Asís, Antonio de Padua, Francisco Javier, Pablo de la Cruz, Alfonso de Liguori). Sigue siendo uno de los fenómenos más difíciles de explicar. 

5. TRANSVERBERACIÓN

La transverberación, según la teología mística, es «un fenómeno místico particular que consiste en una herida producida en el alma con una llaga hecha al costado o al corazón o en ambos. El elemento formal y determinante del fenómeno es el amor de Dios y produce en el sujeto alegría, causada por la dulzura del amor divino, y dolor, debido al sitio amoris, que nos hace desear más amor y experimentar no la posesión plena«.

En el origen del fenómeno místico de la transverberación está la herida de Cristo crucificado

6. ESTIGMATIZACIÓN

Es el fenómeno místico que dio a conocer al Padre Pío y lo llevó al foco de la crónica del tiempo y a la popularidad. Por otro lado, también era el don místico más incómodo, a la luz de las disposiciones eclesiásticas y el sufrimiento que le causaban la humillación y los prejuicios.

7. XENOGLOSIA

Es ese fenómeno espiritual místico a través del cual se da a conocer las lenguas desconocidas y a hablarlas también, sin que estas hayan sido estudiadas nunca por quienes poseen este fenómeno. El Padre Pío no conoce otros idiomas que el italiano y el latín, que es el idioma oficial de la Iglesia, pero escribe dos cartas desde Pietrelcina: una en francés y otra en griego.