Sabemos que el pan y el vino se convierten en el Cuerpo y la Sangre de Cristo en la Eucaristía. Pero, ¿podemos explicar cómo y el momento preciso en que esto ocurre? La palabra «transubstanciación» es una traducción literal de la latina «transsubstantiatio». Ambas indican la esencia del milagro eucarístico, es decir, un cambio de esencia o sustancia. En la metafísica clásica (la ciencia del ser), cada cosa tiene una sustancia (esencia) y unos accidentes (cualidades). A nuestro alrededor, observamos que las cosas cambian sus accidentes, mientras que la sustancia sigue siendo la misma. Por ejemplo, Catalina de joven era una pelirroja esbelta y ahora es una anciana corpulenta y canosa, pero sigue siendo la misma Catalina. Mientras tanto, ocurre exactamente lo contrario con el pan y el vino en la Misa.  

Gracias a la acción del Espíritu Santo, los accidentes siguen siendo los mismos, mientras que la esencia (es decir, la sustancia) cambia. Había pan, ahora hay Cuerpo, aunque con el olor, el sabor, el aspecto y la textura del pan. Del mismo modo, el vino se convierte en Sangre, conservando todas las características del vino. Los teólogos nunca han precisado definitivamente con exactitud «cada segundo» el momento en que, sobre el altar, el pan deja de ser pan y el vino deja de ser vino. 

Aquí hay que distinguir dos momentos importantes: la oración epiclética y las palabras de transubstanciación del relato de la institución de la Eucaristía tomado de la Escritura. La epíclesis, es la oración en la que invocamos el poder del Espíritu Santo para que Él mismo transforme los dones ofrecidos en el Cuerpo y la Sangre de Jesús.